I slutningen af 1863 begyndte asseneserne så småt at mærke, at der er noget i gære, rygterne begyndte at svire om, at der var krig i vente.

Allerede i slutningen af 1863 var 56 mand indkvarteret forskellige steder i Assens, bl.a.  hos apoteker Strøjberg blev der indkvarteret officerer og deres oppassere. 8. december var det løjtnant Sheppegrell fra 5.Infateri regiment som kom, og den 20. december kom Løjtnant Faber fra 13 infanteri regiment til. Senere kom yderlige 81 mand til. De assenesere, der husede officererne, skulle selvfølgelig havde betaling for at give dem husly og forplejning, så der blev lavet særlige indkvarteringssedler til brug for dette, når de var udfyldt, skulle de afleveres til byfogen.

Lazaretter

Ifølge en skrivelse af 19. januar 1864 til Assens byråd skal der stå 140 disponible sygepladser til rådighed og på Frederiksgave 125 pladser. Der anmodes desuden om seks lukkede køretøjer til transport af sårede og syge. Lazaretterne i Assens var placeret tre forskellige steder. Det ene var rådhuset, så byrådets møder blev derfor flyttet til afholdelse på Provstigården, de to andre steder var Realskolen (vandrehjemmet),  borgerskolen (kirkens hus) samt på Frederiksgave. Det var overlæge Prof. Schjødt der stod for lægefaglige.

Allerede den 27. januar overførtes fra Sønderborg 124 syge soldater, som ankom med damperen Zampa. Krigen var endnu ikke brudt ud så det havde nok været en epidemi, tænkte befolkningen.

Udover lazaretter blev der oprettet reservemagasiner, fødevaremagasin, brændselsmagasiner, et feltbageri og en station til feltpolitiet. Alt sammen under pladskommendant, major Røssings myndighed. Han var blevet ansat den 29. januar 1864.

Kaptajn Aarøe og hans strejfkorps

Bendt Christian Magnes Aarøe blev født den 5. januar 1828 i København. Efter endt skolegang kom han i lære hos en silke- og klædehandler Ribe. Men han ville hellere til militæret, som han kom i 1845. Tre år senere blev han udnævnt til sekondløjtnant. Kort tid efter udbrød treårskrigen (1848-1850). Han blev forfremmet til premierløjtnant og for sin indsats ved Kolding blev han benådet med ridderkorset. Efter krigen blev han 10. august gift med Anne Christine Struch fra Tronhjem.

I efteråret 1863 kom B.C.M. Aarøe med et forslag om oprettelse af et strejfkorps, som i krigstilfælde kunne lav uro i fjendens rækker. Den 25. marts 1864 blev planen godkendt og fik navnet Aarøes Strejfkorps.

Den 30. marts 1864 indskibedes korpset på Als og ankom til Assens, hvor officererne blev indkvarteret i byen, mandskabet i en lejr i Sønderby.

I første halvdel af april blev det til fem små nålestiksoperationer flere steder ved den sønderjyske kyst, de første fire uden tab, men ved den sidste gik det galt med to døde og fire sårede. De to døde var Ole Olsen fra Køge og Carl Anderson, svensk frivillig. Det var den 18. april om morgenen, de kom tilbage til Assens.  Hen på dagen kom beskeden, at Dybbøl-stillingen var faldet.

Den 17. august 1864 blev korpset opløst, hvilket tog hårdt Aarøe.  Befolkningen havde påskønnet hans virksomhed, som måske ikke havde den store militære betydning, men mere højnede moralen. 

Han trak sig tilbage for alt offentligt liv, og boede sine sidste dage i Vejle, hvor han døde den 13, marts 1886, 58 år gammel. Af hæderstegn modtog han sølvkorset og sværdordenes ridderkors, og det danske ridderkors